生態資源

鰲鼓濕地森林園區包含陸域、社區、人工林、紅樹林、草澤、魚塭及不同深淺的水域，地貌多樣、景觀多變，加之鰲鼓濕地列為國家重要濕地與重要野鳥棲息地（IBA），生態資源豐富，鰲鼓濕地曾調查記錄的植物有42目80科347種、蝦蟹貝類有8目14科24種、昆蟲有16目162科346種、魚類有4目7科18種、兩棲爬蟲類有3目9科17種、哺乳類動物有4目5科10種，而嘉義分署於2013年1月的鳥類紀錄則有19目55科251種。在記錄到的鳥種中，含括許多保育種類，而遷移性候鳥約占其中的四分之三，其中又以鷺科、雁鴨科、鷸科及鴴科等水域性的鳥種數量較為豐富，同時也記錄有多種的日行性猛禽。
鳥類為環境的指標性生物，多樣性的鳥種代表棲地生態環境的多樣及穩定，基地除擁有大面積的水域外，周遭的植被也提供鳥類覓食及棲身的場所，鹹水沼澤中的鹽地鼠尾粟、海雀稗、海茄苳、欖李，加上造林區大面積的木麻黃、白千層、欖仁、桉樹、黃槿等，形成獨特的植群景觀。

 鰲鼓濕地(南堤)景觀
 
鰲鼓濕地向南串接河口沙洲型的朴子溪口濕地、好美里濕地，以及以黑面琵鷺著名的七股濕地等，與台灣西南海岸濕地廊道之各重要據點形成帶狀遊程。就遊憩資源之面向，除提供整體之濕地生態體驗外，由海堤圍塑之鰲鼓濕地提供不受潮汐影響之半淡鹹水濕地，成為獨特之生態景觀。

植物生態

因應鰲鼓地區自然環境凸顯出的冬季強風、沙質壤土旱地、鹽生環境及水域沼澤等限制因子，植物生態也各展現出防風耐旱、沙生、鹽生、沼澤紅樹林為主的生存機制與植物特色。
一、防風植物：區域內栽植的防風樹種以木麻黃及黃槿為主，主要栽植在臨海的堤岸邊。而其中與木麻黃同樣具葉子退化成鱗片狀特殊構造的植物尚有華北檉柳與無葉檉柳，而自生的木賊亦屬同類型的植物。
二、沙生植物：沙生植物具有強大的根系，主根紮得深，側根鋪得廣，具強力的定沙能力，耐旱、耐強光照，濱海區更具耐鹽性。鰲鼓堤防邊以馬鞍藤、盒果藤、濱刀豆、馬氏濱藜、過江藤等沙生植物為主。
三、鹽生植物：一群演化出特殊型態及生理特性以適應乾旱、高鹽度環境的植物。以裸花鹼蓬（鹽定）、海馬齒、海雀稗、鹽地鼠尾粟為主。
四、紅樹林：一群生長在熱帶及亞熱帶河口潮間帶的木本植物群落。具特殊的氣生根、支柱根等幫助其在缺氧環境下生長。植株體內常具有鹽腺以利於調節鹽分，並具厚角質層以減少水分的蒸發。區域內以欖李及海茄冬二種紅樹林為主。

植物特色與潛在景觀

一、七種葉子退化的植物：木麻黃、千頭木麻黃、無葉檉柳、華北檉柳、木賊、蘆筍、仙人掌。這類植物由於要面對惡劣的生存環境，故將葉子退化成鱗片或針狀來因應。在台灣要在同一個區塊內，同時觀察到七種同類型的植物實為不易。
二、裸花鹼蓬的秋冬變色景觀：裸花鹼蓬又名鹽定，為極特殊的耐鹽植物，適合生長於鹽鹼地，也是具改良鹽鹼土壤潛力的脫鹽植物。在南部秋冬旱季時，植株容易轉變成紅色，其在富含鹽分的土壤裡常大面積生長，因此當秋冬來臨時，大面積的紅色裸花鹼蓬將蔚為難得一見的紅灘景觀。中國瀋陽聞名的紅海灘即是此類鹼蓬所蔚成的世界級景觀。
三、優美的「千島湖」草澤景觀：園區靠近南堤的水域中，有一片純由海雀稗綿延蔓生而成的草澤，這片草澤有別於園區他處，不規則形狀的草團像綴飾在大片水域中的綠色浮島，景觀獨特而優美。

鰲鼓濕地(南堤)千島湖草澤景觀
 
四、紅樹林沼澤景觀：台灣的紅樹林沼澤主要分布在西部沿海灘地，各地的種類、數量均不盡相同，且景致與鳥況也各有不同，因此各地的紅樹林都獨具區域特色。

鰲鼓濕地(南堤)紅樹林沼澤景觀
 
五、人工濕地（滯洪池）木棧道水域景觀：在園區農場後方的廣大人工濕地，經栽植樹木與架設彎延的木棧道後，就轉變為一處親水景觀步道，除了滯洪功能外，又提供鳥類一處棲息環境，並供遊客賞鳥與休閒遊憩的場域。此處景致優美，清晨與黃昏時有種靜謐清幽的感覺，是適合悠閒漫步的步道。

東石農場東側的人工濕地與木棧道
 

鳥類生態概述

從鳥類分布環境而言，鰲鼓濕地有海岸、濕地、農作地及森林等幾種棲地環境，鰲鼓地區的鳥類幾乎涵蓋了台灣絕大多數分布於海岸、濕地及平原的鳥類，至2013年1月止，鰲鼓濕地森林園區有19目55科251種鳥類，約占全台鳥種數42%，由此可知鰲鼓濕地為台灣西南部非常重要的野生動物（尤其是鳥類）棲息地。
春季末期至夏季，為鰲鼓濕地森林園區中鳥類種類最少的季節，仍然能夠記錄超過50種鳥類，秋季與冬季則是鰲鼓濕地鳥類種類與數量最多的季節，在調查中每一次均可記錄60-70種鳥類，冬季則可記錄一萬隻以上的各種水鳥，包含過境及的稀有鳥種黑面琵鷺、黑嘴鷗，另外可見多種猛禽，包括黑翅鳶、紅隼、遊隼、東方澤鷂（東方澤鵟）、灰鷂（灰澤鵟）、魚鷹及黑鳶，全部皆屬於保育類動物；而琵嘴鴨、赤頸鴨、尖尾鴨、黑腹濱鷸、東方環頸鴴及鸕鷀，則是成群數量極多的代表。

鰲鼓濕地賞鳥重點指南

一、  鰲鼓濕地森林園區一整年僅有炎熱的夏季較不適合進行賞鳥，其餘的季節都是非常適合進行鳥類觀察活動，尤其秋冬季節鳥類族群量達到一整年的最高峰，也是最壯觀的季節，是一般民眾進行鳥類觀察最佳時節。
二、  6-8月天黑前一小時為北堤木麻黃鷺鷥林觀察的最佳時間。
三、  鰲鼓地區為在台灣看到黑翅鳶機率很高的地方，而且近年在鰲鼓地區具有穩定的繁殖族群，同時也是本區夏季最穩定的猛禽。其羽色高雅、飛行姿勢優雅還有定點的滯空能力，又是生態系統中位階最高的掠食者，因此黑翅鳶是目前鰲鼓地區鳥類的代表性物種。
四、  魚鷹為冬季最穩定的猛禽，大約有5隻以上固定棲息於濕地中，是鰲鼓濕地最容易觀察的猛禽。
五、  鷸科鳥類在鰲鼓濕地數量最多的為黑腹濱鷸。
六、  鴴科鳥類數量最多為東方環頸鴴。
七、  雁鴨科鳥類數量最多為琵嘴鴨、次多者為赤頸鴨、第三多者為尖尾鴨。整年都出現的種類為斑嘴鴨（花嘴鴨）。
八、  紅尾伯勞為遷移性的伯勞，秋季來到園區，冬季仍有穩定族群，春季包含北返的過季族群，因此春季可能會有機會看到密度較高的紅尾伯勞。
九、  鰲鼓村主街道在夏季黃昏時容易看到數千隻家燕盤旋後集結於電線上夜棲的景觀。
十、  鰲鼓濕地是台灣本島最方便與最容易看到鸕鶿的地方。
十一、單筒望遠鏡是賞水鳥絕對必要的觀察配備。

昆蟲生態概述

鰲鼓濕地屬於沿海濕地，夏季氣候炎熱、冬季強風夾帶鹽霧、沙質壤土、鹽生環境等多項限制因子，使區內植物生長不易，除了防風耐旱、耐鹽等植物得以生長之外，區內大面積的森林多為林相單純的人工林，特殊的地質環境以及氣候條件，限縮了該地區原生植物的種類，加上自然環境的限制因子，使得各種植食性昆蟲要於該區生活更形困難；相對地，因為濕地面積遼闊，以及濕地內大肚魚等小型魚類族群量龐大，使得水棲肉食性昆蟲成為鰲鼓濕地優勢的昆蟲族群。夏季時彩裳蜻蜓的族群量之大，可能是全台之首。
東石自然生態展示館位於四股社區裡，是推展生態旅遊時遊客必定停留及參觀的地點，由於位置貼近社區，所以昆蟲種類較容易因為當地居民種植的植物而改變。在當地可以列為解說題材的昆蟲有：大鳳蝶、波紋小灰蝶、臺灣粉蝶、紅姬緣椿象、草蛉、黃胸泥胡蜂等。
人工濕地木棧道區由於濕地的特色，加上種植的植物種類較多，所以昆蟲種類較為多樣。沿木棧道行走時可以觀賞解說的物種有：杜松蜻蜓、猩紅蜻蜓、高翔蜻蜓、溪神蜻蜓、褐斑蜻蜓、青紋細蟌、橙尾細蟌等蜻蛉目昆蟲，離開木棧道後則可以觀察星天牛、紅脈熊蟬、臺灣青銅金龜、沖繩小灰蝶等；水域中其實還有橙邊龍蝨、負子蟲、牙蟲等水棲昆蟲，但是觀察難度較高。
觀海樓為一座提供觀賞鳥類的建築設施，建物周遭除了濕地外還種植有許多種類的植物，因此本區在建物周遭即可觀察多樣的昆蟲生態。可以觀賞解說的物種有：濕地邊的植物上可以觀察到猩紅蜻蜓、侏儒蜻蜓，其他較高的植物上也可觀察到高翔蜻蜓停棲，另外本區華北檉柳於7月開花時會吸引許多花金龜訪食，5~7月臭娘子開花時則可以觀察到許多訪花的蛺蝶與花金龜，7~8月往觀海樓路上的構樹果熟時也可以觀察到許多花金龜爭食。而觀海樓前的透氣磚縫隙間，則躲藏著許多蟻獅；仔細觀察地面還可以見到平常難得一見的蟻蜂，另外，龍葵的葉片上還有成群的茄二十八星瓢蟲可以觀察。

生態旅遊核心資源

一、  鳥類：黑翅鳶、魚鷹、黑面琵鷺、長腳鷸（高蹺鴴）、反嘴長腳鷸（反嘴鴴）、白腰杓鷸（大杓鷸）、鸕鶿、琵嘴鴨、赤頸鴨、尖尾鴨、裡海燕鷗、鷺鷥林、家燕夜棲
二、  植物：台灣海棗、黃槿、白千層、木麻黃、欖李、海茄苳、裸花鹼蓬（鹽定）
三、  昆蟲：彩裳蜻蜓、紅脈熊蟬、薄翅蜻蜓
四、  哺乳類：高頭蝠
五、  人文：港口宮、傳統民俗信仰文化（媽祖、五營、普渡公燈、迎客王）、休閒魚塭體驗、早期漁具解說（鰲鼓村民蔡金露收藏）
六、  景觀：濕地地景、濕地日出、濕地夕陽